在Alma小时候就已被证实，那些让她身体持续虚弱的梦魇与幻觉都是潜在她体内的异能产物，这种异能能使Alma轻易感染围绕在她身边如愤怒与恐惧等的所有负面情绪，让她倍受折磨。 随着Alma的异能越趋强烈，她的父亲——科学家Harlan Wade，让女儿成为ATC技术研究公司的最高机密“起源计划”的主研究对象，目标是利用Alma的 DNA克隆出只需通过心灵感应就可以指挥军队的“精神指挥官”。然而由于Alma的精神日益不稳定，研究人员认为继续让她保持自由身进行计划风险过大，所以八岁生日过后的两天，Alma在人工诱导下昏迷并被贮藏在ATC地窖供试验。

在Alma被藏身研究期间，Harlan猜测女儿的力量并不一定完全能通过遗传获得。为确保首个精神“原型”能成功诞生，Harlan决定对女儿进行人工受孕，目的让她的能力通过此法完全转移到胚胎上。

15岁那年，Alma产下第一胎“原型”。但在分娩时的Alma却在身体注射大量镇静剂的情况下恢复意识并痛苦地看着自己的胎儿被带走。

16岁，Alma诞下了“成功”的第二胎，Paxton Fettel。

在Fettel十岁时，Alma利用异能与儿子的意识融合，即后来的“思想同步”。通过母亲的精神控制，Fettel杀害了好几名负责该计划的研究员，随后计划也因这场意外而终止，同时Alma被移出生命维持装置，整个起源设施遭封锁并弃置。然而，要为起源计划的恶行负责的人们，低估了Alma的力量与愤怒。

尽管Alma已身亡，她残留的有毒生命物质使围绕着起源工场的Auburn工业区受到大规模感染。ATC总裁Genevieve Aristide回到废弃的ATC地窖，企图重启起源计划，但在她派出的调查部队无一返回后决定放弃这个徒劳无功的念头。可这时琴弦已被触动——Alma的意识将再度被唤醒。

在另一次的“思想同步”里，Alma的灵魂将被监禁且已是成人的Fettel释放，下令“把他们全都杀光” 。Fettel利用大批在他精神控制下的克隆士兵对ATC总部进行围攻，并对和起源计划扯上关系的人们逐个进行拷问。

Paxton Fettel带领克隆超级士兵造反，占领了Armacham Technology Corporation（ATC）的总部

主角作为F·E·A·R的新成员，与队友，以及三角洲部队合作，追捕Paxton Fettel。